Den svenska förlusten innebär att Spanien är klar gruppsegrare och går vidare i Nations League, som även fungerar som Europakval till sommarens OS-turnering.
Redan i första anfallet brände hemmalaget två gyllene chanser, men utdelningen kom några minuter senare.
Ana-Maria Crnogorcevic klev in mellan Nathalie Björn och Linda Sembrant och nickade in 1–0.
Jennifer Falk, som fick förtroendet i målet i stället för Zecira Musovic, var chanslös.
Sverige lyfte spelet efter pausen, skapade kvitteringsmöjligheter men det var en kväll när det mesta gick emot.
Hanna Lundkvist var den stora skrällen på det centrala mittfältet, där hon ersatte skadade Caroline Seger.
Seger var inte ens med i matchtruppen och följde matchen från en läktarposition.
Gerhardsson räknar med att Seger är aktuell mot Spanien i den betydelselösa sista gruppspelsmatchen i nästa vecka,
— Det hoppas vi. Hon fick en liten känning i måndags. Det är för stor risk i dag, men hon är med för att kunna spela på tisdag, säger förbundskaptenen Peter Gerhardsson till SVT.